Fakultas kedokteran menyelenggarakan program Pendidikan D-IV Perawat Pendidik selama tiga angkatan mulai tahun 1998 sampai 2000. Program ini kemudian ditutup setelah keluarnya keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan No. 427/DIKTI/Kep/1999 tentang Penyelenggaraan Program Pendidikan S1 Keperawatan. Mulai tahun ajaran 1999/2000 FK UNDIP menyelenggarakan Program Studi Ilmu Keperawatan (PSIK).

PSIK menerima mahasiswa dari jalur A (lulusan SMA) melalui program PSSB dan UMPTN dan jalur B (lulusan DIII Keperawatan) melalui uji masuk tersendiri. Semula pendidikan keperawatan S1 menempuh tahap akademik profesi bersamaan, sekarang ini dikembangkan program pendidikan keperawatan S1 dengan pendidikan Ners.

Program pendidikan Ners diupayakan dicapai melalui rangkaian kegiatan yang terdapat pada program akademik dan dilanjutkan pada program pendidikan profesi melalui kegiatan Pengalaman Belajar Klinik (PBK) dan Pengalaman Belajar Lapangan (PBL) yang dilaksanakan di lahan praktik  pendidikan keperawatan.

Dengan pengalaman belajar klinik dan pengalaman lapangan tersebut peserta didik akan memperoleh pengalaman nyata dalam memberikan asuhan keperawatan. Peserta didik akan memperoleh pada program akademik dan mampu mengidentifikasi masalah dan fenomena-fenomena keperawatan. Dengan PBK dan PBL juga diharapkan dapat ditumbuhkan sikap dan keterampilan profesional serta kemampuan memecahkan masalah secara ilmiah. Selain itu peserta didik juga akan memperoleh pengalaman dalam melaksanakan pengelolaan pelayanan keperawatan.